Boa tarde, @sarmanho..
Pelo que entendi, você uma aplicação em cada servidor com as mesmas credencias de API da sua conta, certo?
Não teria problemas você gerar cobranças Pix em servidores distintos. Mas você deve se atentar na webhook URL, pois uma chave Pix só pode estar atrelada a uma única URL de Webhook. Então você poderia criar duas chaves Pix, e cada chave estar associada ao link de um servidor.