Separação de Valores por API e Utilização de Notificações

Como você indica a URL de notificação a cada cobrança gerada, você pode fazer com que a aplicação1 use a URL1, aplicação2 use a URL2 etc. Aí na notificação você já sabe a que aplicação se refere.

Certo, não entendi, mas vamos lá. Preciso de clareza e simplicidade na explicação. Eu quero que os valores de cada aplicação fiquem separados como carteiras para transferir de uma pra outra ou transferir pra conta corrente, ou mesmo tão somente pra ver o saldo de cada uma separadamente. É possivel?

Não. O que você pode fazer é criar contas distintas, uma para cada aplicação.