Boa noite, @victortapias!
Sempre que seu sistema emite uma cobrança conosco, nossa API retorna (em caso de sucesso) algumas informações sobre a cobrança, como por exemplo o código de barra de boletos e carnês e o ID da cobrança (TXID para PIX). Armazenar essas informações pode ser útil para verificações futuras.
Caso seu sistema não implemente esse recurso você pode tentar proceder com a impressão da cobrança pela gestão de cobranças da sua conta Efí e comparar o código de barras, ou acessar o extrato e comparar o ID de pagamento (no caso do PIX).