Na requisição de registro do webhook você pode adicionar no header o parâmetro x-skip-mtls-checking: true dessa forma não será feita a validação do mTLS para o webhook informado.
É importante ressaltar a necessidade de confirmar que é a Gerencianet enviando a requisição, prevenindo que qualquer outra requisição contendo uma confirmação de pagamento falsa chegue para seu sistema.
Nessa situação, deve ser validado pelo em seu servidor.
Lembrando também que a Gerencianet continua a fornecer a comunicação com mTLS, ou seja, na comunicação da notificação nada mudou.