Olá, @williandougllas!
Não há uma recomendação fixa de diretório para armazenamento do certificado, ele deve estar em um caminho protegido de acessos externos no seu servidor e disponível de forma privada para o seu back-end.
Verifique a estrutura de diretórios, o módulo node que está utilizando e as regras de rota da aplicação para assegurar que o caminho está disponível. Recomendamos realizar testes pontuais somente com a localização de arquivos para tornar a depuração mais precisa.