O certificado que você apresenta no webhook é da sua URL, não do seu cliente. Então se ela é webhook.exemplo.com.br, é webhook.exemplo.com.br que precisa ter certificado, mesmo que o endereço seja webhook.exemplo.com.br/clientex.
Aliás, você nem precisa diferenciar a URL por cliente... pq no acionamento, o webhook identifica a chave Pix, e pela chave Pix, você sabe que cliente que recebeu pagamento. Mas se quiser por redundância colocar no path também pode.