Bom dia, @gabrielcarvalho_27631! Espero que esteja tudo bem com você.
Se você cancelar a assinatura, as cobranças dela não serão canceladas automaticamente.
Você precisaria usar o endpoint PUT /v1/charge/:id/cancel para cancelar cada cobrança individualmente, substituindo o :id pelo charge_id da cobrança de cartão ou boleto que você quer cancelar.