Bom dia, já aconteceu umas 2 vezes onde a Efi demorar de processar o 'one-step', aconteceu agora recentemente e como foi pela API, não consegui efetuar uma resincronização e minha aplicação ficou com o status do boleto erro interno pois não tinha o charge_id nem os links associados, tentei gerar o boleto 10:46, e apareceu na efi somente as 10 e 50. neste caso não recebi o notification que é de praxe para poder complementar a linha do boleto gerado com os dados relevantes.
Minha sugestão seria para poder consultar também pelo custom_id que por aí a resincronização traria estes dados sem precisar injetar diretamente no banco o charge_id coletado do site da EFI.