Sim, o BACEN só estabelece comunicação com os participantes, através de uma rede segregada. A Gerencianet é uma das opções, mas a única a citar aqui pois é um servidor Discord da mesma.
As contas criadas via API de Contas permitem que você tenha acesso às credenciais e certificados, os clientes não precisam passá-los para você. Eles só precisam confirmar os dados cadastrais e que você irá gerar transações em nome deles.