Eu tenho uma função chamada config que é usada tanto para criar o COB (o que funciona corretamente), quanto na função de reembolso onde ocorre o erro. Se o problema fosse com o certificado, a criação do COB não funcionaria corretamente.
public EfiPay config() throws Exception {
JSONObject options = new JSONObject();
options.put("client_id", clientId);
options.put("client_secret", clientSecret);
options.put("certificate", certificate);
options.put("sandbox", sandbox);
return new EfiPay(options);
}