Bom dia, @m.h1604. Tudo bem?
Caso opte por deixar o x-skip-mtls-checking como true __a Efí vai continuar a enviar o certificado na requisição__, mas como descrito, seu servidor irá ignorá-lo. No entanto é aconselhável que você encontre uma forma de configurar o mTLS e validar se é a Efí quem está enviando a notificação.
Uma outra sugestão é verificar o IP de quem está notificando, pois a Efí comunica os webhook através do IP 34.193.116.226
Para facilitar a tratativa da adição do /pix quando a Efí envia a notificação, você pode registrar a URL com um parâmetro. Exemplo: https://seudominio.com.br/webhook/?ignorar=. Assim sua aplicação receberá as notificações sempre na rota /webhook.