Você pode configurar os escopos através da aplicação web logada da Efí.
Sobre você ter atualizado o WHMCS, isso pode ser a causa dos problemas... o módulo da Efí foi escrito para versões mais antigas de PHP e WHMCS do que as que se costuma usar.
Se você estiver usando a Efí apenas para Pix eu posso ter uma sugestão para você, mas se for Pix+Boleto+Cartão, só o módulo da Efí mesmo.