Nesse caso, não, @ubiraci_31143. Como eu comentei antes, a aplicação estaria na mesma conta, usando o mesmo nome fantasia e logo.
Uma alternativa seria criar uma subconta com o mesmo documento (CPF/CNPJ). Depois, você pode configurar a segunda integração nessa subconta e colocar um nome fantasia e logo diferentes. Para criar essa conta, basta seguir os passos descritos neste artigo.