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por lá arquivos como certificados não são incluídos no build

Sugiro que dê uma olhada nesse PR que um usuário aqui do Discord fez em nossa SDK de TypeScript justamente para essa situação.
https://github.com/efipay/sdk-typescript-apis-efi/pull/1

Nele foi feito uma adaptação na SDK para que seja aceito o conteúdo do arquivo ao invés do caminho, assim você pode usar ele como variável de ambiente.