Pagamento de Boleto com Desconto Após a Data Agendada

Neste caso não, pois, a instituição só vai liberar o dinheiro no dia definido no agendamento

Perfeito em relação ao pagamento só na data do agendamento. Agora como no ato do agendamento o desconto foi aplicado, já que estava vigente ainda, será que no pagamento isso será desconsiderado ou o pagamento será não realizado?

Essa é uma informação que o @Relacionamento vai saber lhe informar melhor, mas acredito que o pagamento não seja realizado por divergência de valores.