Para o status settled irá utilizar quando você gera a cobrança, mas dai vamos supor que o cliente não pagou o boleto e então foi até seu escritório e lhe pagou em mãos. Sendo assim, você recebeu o valor, mas para o boleto não ficar em aberto e o cliente inadimplente, você realiza esta baixa manual, definindo o status do boleto para settled.
Este procedimento não irá ter movimentação financeira em sua conta, seria para um controle administrativo