Integrando Variáveis Personalizáveis e Webhook de Pagamento

tem como eu registrar algumas variaveis personalizaveis da transação para chegarem no webhook de pagamento efetuado com sucesso pelo cliente?

Não no webhook, mas você pode colocar essas variáveis na cobrança, e recuperar com GET /cob/:txid. Só que elas vão aparecer para o pagador no app.

entendi, então a unica maneira seria guardar as informações com a referencia da tx id no meu servidor certo?

Se você não se importar de mostrar esses parâmetros para o cliente, pode deixar no servidor da GN mesmo, e consultar fazendo GET em /cob/:txid. Mas se for sem mostrar, aí só no seu servidor.