Problema na Contabilidade de Entrada de Recursos

isso é um problema, na verdade nao resolve pq o valor entrou todo na conta, pra contabilidade é complicado.

Você pode ter várias contas na GN, uma delas pode ser de entrada de recursos, diferente de outra que essa sim você considera como $ da empresa.

a questão é que pra imposto todas as contas sao da empresa e o dinheiro entrou na conta, formalmente teria que pagar o imposto de todo dinheiro que deu entrada, mesmo que depois seja movimentado para a conta do fornecedor

Isso não é verdade. Se você fizer um depósito numa conta de uma empresa só pq resolveu fazer, a empresa não é obrigada a pagar imposto. Basta a empresa devolver o dinheiro.