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Pessoal, de vez em quando minha aplicação para de funcionar e todas minhas requisições de createCharge retornam simplesmente o erro Unauthorized. Quando eu reinicio a aplicação ele volta a funcionar por um tempo, depois cai nesse problema denovo

Pelo que entendo, sim, é melhor que você recrie a instância para que a autorização seja refeita sempre. Utilizar uma antiga não vai dar certo. Ela expira em 600 segundos por padrão. Veja a última tabela aqui: https://dev.efipay.com.br/docs/api-cobrancas/credenciais#exemplo-de-resposta-da-autoriza%C3%A7%C3%A3o

Não há a necessidade, uma vez que as SDKs autenticam novamente com as credenciais utilizadas para instanciar a classe.
Isso pode ser visto [neste arquivo da SDK de Node](https://github.com/efipay/sdk-node-apis-efi/blob/master/lib/endpoints.js)