Verificar status de cobranças vinculadas a uma assinatura

você pode utilizar o endpoint GET /v1/subscription/:id para verificar os status de todas as cobranças vinculadas a uma assinatura em específico.

Tem q passar o id da cobrança?

O id da assinatura neste caso.

Tem como consultar por CNPJ ou IE?

Não tem como, o que pode ser feito é armazenar estes dados no ato de geração das cobranças e depois fazer a busca em um banco de dados próprio.