3DS 2 em transações e integração via API

e quase sempre tem gente tentando comprar com cartão clonado

Nesse segmento é exigir 3DS 2 em todas as transações. Aí não tem essa de que não comprou, inclusive pq o banco nem pode pedir estorno do vendedor, se ele quiser dar estorno, sai do banco.

é possivel fazer essa configuração no efí?

Que seja oferecido via API, não. Se eles fariam para você no seu volume, é uma pergunta diferente...
... se quiser mais detalhes do 3DS2:
https://www.emvco.com/emv-technologies/3-d-secure/

nem se for por link de pagamento?

Não me parece que faça diferença, pois na documentação não cita 3DS em nenhum momento.