Oi, @gil.brandao0067. Bom dia!
Esta mudança que o João mencionou não altera na SDK. Você irá apenas incluir o __dirname junto com as [credenciais](https://github.com/efipay/sdk-node-apis-efi/blob/master/examples/credentials.js#L7) para indicar o caminho absoluto para o certificado.
Exemplo:
js
module.exports = {
sandbox: false,
client_id: 'seu_client_id',
client_secret: 'seu_client_secret',
certificate: __dirname + '/caminho/ate/seu/certificado.p12',
};