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Bom dia @rogersoncs tudo certo?
Você está usando as variações de produto do próprio woocommerce ou algum outro plugin para adicionar essas variações?
Acontece em todos os meios de pagamento?

As variações são gerenciadas por outro plugin, pois elas entram como campos adicionais e não como variação (padrão do Woocommerce)
o plugin é o Advanced Product Fields Pro for WooCommerce (Versão 2.7.3 | Por StudioWombat).
Esse problema ocorre em todos tipos de pagamento e infelizmente apenas com o plugin de vocês. Já ativei o modo de compatibilidade do WooCommerce, mas mesmo assim o erro persiste.

acabei colocando o nome do plugin errado, corrigi agora.