Dúvidas sobre integração de API e arranjo de pagamentos

e o que impede o mesmo o envio em desacordo pela api seja feito pelo app ou portal??

Com automatização você pode efetivamente operar um arranjo de pagamento. Sem automatização isso não é viável.

a empresa que tem conta, não pode pagar seus clientes e fornecedores por PIX?

Você está pensando nos casos legítimos de uso e esquecendo dos ilegítimos. Não é assim que a regulação de nenhum setor funciona.