Quando você emitir a cobrança de assinatura, receberá o subscription_id. Registre esse ID associado à empresa X.
Ao consultar o token da notificação, você também receberá esse subscription_id. Assim, será possível identificar a empresa vinculada à assinatura emitida.
Uma outra dica é, no momento da emissão da assinatura, incluir um query param na URL de notificação. Exemplo: https://seudominio.com.br/notification/assinatura.php?empresa=IdDaEmpresaNoSeuSistema. Assim, quando receber o POST com o token de notificação, você pode capturar o parâmetro da URL e identificar de qual empresa é a notificação.