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Ou seja quando o cliente for para o Checkout, ai lá vai estar descriminado o desconto, taxa de boleto, e valor do pedido

Bom dia, @nexusrpbrasil! No caso, você vai inserir os 2% no campo multa e não no campo juros, segue o print em anexo.
Este valor pode ser informado via API ou direto pela conta Gerencianet, lembrando que se forem configurados dois valores diferentes, a configuração via API prevalece.