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Bom dia, @andresisdanca.
Para o cancelamento de um boleto, seria através do endpoint PUT /v1/charge/:id/cancel, onde :id é o charge_id da cobrança.
Segue detalhes do endpoint: https://dev.gerencianet.com.br/docs/playground-transacoes#charge_id_cancel
Neste caso, seria de dentro da conta mesmo. Pela API também funciona, porém não pode ser baixa manual deve ser a opção de cancelamento da cobrança mesmo.
O cancelamento que a @beatryzmatosgerencianet2660 mencionou é feito pelo cliente citado no DDA em seu próprio banco.
Como os boletos emitidos pela GN são registrados, aparecerão no DDA de seu cliente, caso possua. Se o cliente não realizar o pagamento, a única forma desta cobrança deixar de ser inadimplente no DDA é cancelando a mesma de dentro da sua conta.
