Atualmente, a API de emissões não possui mtls igual a API Pix, porém você consegue proteger a rota das notificações bloqueando as requisições dos IPs não utilizados por nos.
Segue a lista dos nossos IPs: https://sejaefi.com.br/central-de-ajuda/api/quais-enderecos-de-ip-gerencianet-utiliza