Boa tarde, @welitonxd! Tudo bem?
Após a data de vencimento, o status da cobrança ficará como Inadimplente, independentemente de ter passado os 90 dias. Você pode, no entanto, alterar a data de vencimento de uma cobrança com status Inadimplente (até 89 dias após a data de vencimento) para que ela passe para o status Aguardando Pagamento.
Quanto à situação do boleto antigo dentro da Efi, ao criar um novo boleto com os mesmos dados para substituí-lo, cancelar o boleto antigo é uma prática recomendada. Isso ajuda a evitar confusões para o cliente e mantém a integridade dos registros.
Para minimizar a necessidade de criar boletos substitutos, considere emitir boletos com datas de vencimento mais amplas, especialmente se você sabe que seu cliente tem o hábito de pagar após a data de vencimento. Dessa forma, você reduz a incidência de boletos expirados e simplifica o processo de gerenciamento de cobranças.
Se desejar, você pode desativar o envio de e-mails de cancelamento dentro da sua conta digital, acessando Configurações da conta -> Configurações de cobranças -> E-mail. Isso pode ser útil para evitar confusões desnecessárias para o cliente.