Oi <@!456823494790086669>! Bom dia!
Então, acredito que a melhor opção seria a criação de duas contas distintas (mesmo que seja o mesmo CNPJ). Dessa forma ele conseguiria navegar entre as contas no mesmo login através do app ou portal web. Agora quanto a integração, ele poderia utilizar uma para cada conta (mas essa informação o pessoal da @Consultoria Técnica te passa com mais precisão)
Caso ele tenha interesse em abrir a segunda conta, oriente-o a dar uma olhadinha nesse artigo aqui: https://gerencianet.com.br/artigo/ter-mais-de-uma-conta-gerencianet/