Boa tarde @brandao0702 tudo bem?
Como são APIs diferentes o funcionamento é diferente sim!
Na API Pix o webhook exige a configuração de mTLS, conforme nossa documentação: Link
Já na API Cobranças (Boleto, Carnê e Cartão) é disparado para sua URL um token para consulta, e ao consultar esse token são retornado os dados com o status atualizado. Link