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se for isso, adianto que não é o caso. Pois essa situação ocorre para todos os boletos pagos no dia do vencimento.

Você quer dizer que o cliente pagou via pix às 02h00 da manhã?

uma dúvida. se às 00h30 o sistema bancário realiza a confirmação bancária e o boleto é dado como não pago, como pode então ocorrer que duas horas depois ocorra uma nova confirmação para o mesmo boleto, só que agora como pago?

É porque a confirmação bancária ocorre neste horário. Se o seu cliente fizer o pagamento através do QrCode do Bolix 12:00, esse cenário não irá acontecer.

Bom dia Igor, obrigado pela resposta. O que você quis dizer por "coincidentemente" ? A cobrança não deveria receber o status de inadimplente se ela foi paga dentro do prazo.

Boa tarde, @excapy_web! Neste caso sim, porque coincidentemente a cobrança alterou para o status inadimplente e logo após para pago.
A cada alteração de status, é enviado uma notificação para a URL informada.