Olá @akarii8507 o nodejs irá entender o path relativo há partir do Working Dir, quando você coloca o script start carregando o processo do node diretamente da src, o Working Dir será o próprio diretório onde está o package.json (quando vc digita pnpm start).
Para resolver isso você pode utilizar o __dirname que irá pegar o caminho relativo do arquivo TS. Segue abaixo o exemplo para a sua propriedade certificate:
ts
import { join } from 'path';
const cert = join(__dirname, 'producao-545778-SDK-TS.p12');
export = {
sandbox: false,
client_id: 'seu_client_id',
client_secret: 'seu_client_secret',
certificate: cert
};
Espero que te ajude!