Oi, @fe0068. Bom dia! Tudo bem?
A segunda requisição que é feita no cadastro do webhook é enviada para a URL que você está tentando registrar, adicionando /pix no final.
Ou seja, se você está registrando https://seudominio.com.br/notification/efipay, a segunda requisição será para https://seudominio.com.br/notification/efipay/pix, então é importante tratar isso também.
Outra opção é registrar com um query param, assim: https://seudominio.com.br/notification/efipay/?ignorar=, para ignorar o /pix no final.