Isso mesmo, Rubens. Atualmente nós utilizamos o CPF para realizar essa identificação.
Logo, se o cnpj for informado, será necessário informar também o cpf do titular da conta jurídica.
Essa questão de identificar o usuário operando contas PJ que não seja através do CPF é algo que preciso verificar com nosso time de produto. 😃
Não sei te informar agora se já temos algo sendo mapeado nessa linha.