Você faz esta operação através deste endpoint: https://dev.efipay.com.br/docs/api-cobrancas/cartao#2-associar-%C3%A0-forma-de-pagamento-via-cart%C3%A3o
Em um dos atributos, você precisa informar o payment_token.
Para gerar o payment_token, no topo da pagina deste link tem mais informações sobre este procedimento