No caso você precisa informar o caminho dentro do sistema de arquivos, não via http.
Por exemplo, se a estrutura do seu projeto é:
MeuProjeto
|- gn-api-sdk-php
| |- productionCertificate.pem
|- config.json
No seu arquivo de config deve ser informado nesse tipo:
json
{
"client_id": "SEU_client_id",
"client_secret": "SEU_client_secret",
"pix_cert": "./gn-api-sdk-php/productionCertificate.pem",
"sandbox": false,
"debug": false,
"timeout": 30
}