Bom dia! Tudo bem?
Se você registrar a URL assim http://urldosite/notifications.php, ao acionar o webhook, será acrescentado um /pix na URL. Portanto, no seu caso, a notificação seria enviada para http://urldosite/notifications.php/pix.
Para solucionar isso, cadastre seu webhook URL com a query param ?ignorar=. Assim, quando o webhook for acionado, o /pix será tratado como um parâmetro e você receberá o JSON no arquivo notifications.php, conforme a seguinte URL: http://urldosite/notifications.php?ignorar=/pix.