Histórico de mensagens sobre an em pix

armazenar o comprovante e a mensagem do cliente informando a situação que ocorreu

Como o risco você já apontou, que é do cliente ainda pedir MED, acho que o interessante é devolver enviando o valor por outro Pix, e guardar esse comprovante para uma eventual defesa de MED.

seria legal se cada conta pudesse devolver uma quantia inferior ou igual a parte que ela recebeu

uma duvida, quando crio uma transação em que o valor de 1,2% fica na conta que recebeu e o resto do valor é dividido entre outras 2 contas, como eu faço pra reembolsar esse pagamento? pois em nenhuma das contas aparecem a opção, o cliente informou que colocou o valor errado então vamos devolver, o certo seria reembolsar no proprio pagamento pra não ter problemas depois vai que ele tenta solicitar o MED desse pagamento

Boa tarde, @sanch789! Você esta tendo algum problema ao registrar o webhook?
Você chegou a verificar o registro utilizando hmac com skip-mts? https://dev.efipay.com.br/docs/api-pix/webhooks

Existe algum tutorial ensinando como usar webhook em servidor compartilhado?