Configurar pelo NGINX mesmo. O NGINX é um servidor HTTPS muito sólido. E aí só chega no PHP se tiver passado na checagem de mTLS do NGINX, então nem precisa duplicar a checagem. A única coisa interessante de checar no webhook PHP é se a chave Pix é sua mesmo, por causa da possibilidade de uso indevido do seu webhook por outro usuário na GN (que o mTLS em si não mitiga, mas conferir a chave, sim)