Nesse caso, se foi feito o pagamento de um pix, a baixa dessa cobrança não vai ocorrer! So ocorre a baixa dessa cobrança se esse boleto for realmente pago. Nesse caso, como você deseja implementar pix junto com boleto, você deve ter uma verificação, por exemplo, se foi pago como pix, ele marca como pago essa cobrança, algo nessa linha.