Neste caso, o PSP do pagador pode estar com este problema, onde ao ler o Qr Code, mesmo que dinâmico, ele tenta buscar o valor que está no EMV, se não estiver presente o valor fica R$0,00.
Ou seja, resta saber qual é o PSP do pagador. E como o Renato citou, verificar se o PSP está permitindo a edição do valor