consegui.. na hora de importar o certificado em C#, no localhost estava OK, mas no ambiente de produção não, tem só que adicionar alguns parametros na importação. No exemplo de código que tem no manual da API mostra a importação assim:
X509Certificate2 uidCert = new X509Certificate2("./certificado.p12", "");
Basta mudar para:
X509Certificate2 uidCert = new X509Certificate2("./certificado.p12", "", X509KeyStorageFlags.Exportable | X509KeyStorageFlags.PersistKeySet | X509KeyStorageFlags.MachineKeySet);