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Após o banco emissor autorizar a transação. Só aí que começa a rodar o anti-fraude, na GN e em todo adquirente/sub-adquirente.

o processo anti-fraude é realizado antes ou após a cobrança ?

Olá @depaula_igor ! Boa noite. Não é possível alterar o Client_Secret mas você pode desativar sua aplicação e criar outra, gerando assim novas credenciais ! 😃

Em cartão a Gerencianet só te notifica depois do processo anti-fraude, então esse tipo de demora não é incomum.

É possível modificar o Client Secret? Preciso gerar um novo

Na API Pix o retorno é quase instantâneo. Já nas confirmações de pagamento de Boleto/Cartão as alterações de status entram numa fila para serem processadas e enviadas.
O tempo de envio pode variar dependendo do tamanho da fila.

demorou algo em torno de 15 minutos

a endpoint do pix contem o certificado e tal pelo nginx, já o endpoint dos cartões e boleto é um aberto para o gerencianet

sim, ambas em endpoints diferente

Em resumo: Pix for the win.

https://www.businesswire.com/news/home/20220425005210/pt/

Desde que a configuração de mTLS afete só o endpoint do Pix, tudo bem... mas é o caso ?

é a mesma URL porém são endpoints diferentes

Boa noite @yukoha ! É sim, inclusive é o recomendado para receber as alterações de status sempre que ocorrerem.
Vale lembrar que o ideal é que a URL de notificação dos boletos seja diferente da URL do webhook Pix, já que o Pix exige autenticação mTLS.
Dessa forma, caso utilize a mesma URL, a configuração do webhook Pix pode impedir das confirmações de boleto chegarem até o sistema.

o GerenciaNET está demorando muito tempo para responder

é normal a utilização do "metadata: notification_url" para receber por webhook a confirmação de pagamentos ?

Obrigado @Rubens Kuhl

O modelo de negócios da Eva e demais prestadores do segmento é ser remunerado pela tarifa de intercâmbio do cartão.

Eu queria usar para disponibilizar o vale alimentação

Sim, mas que só pode ser usado nos benefícios especificados. Pq senão não é benefício, é salário.