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O fato é que não tem como escapar de Javascript. Só o que você pode escolher é entre usar o Javascript pronto da Gerencianet, ou fazer o seu mesmo usando as funções e mesma chave de criptografia da GN.

Para o Java processar o cartão sem que ele passe na Internet ou no seu back-end descriptografado, a criptografia precisaria ser implementada em Java no browser do cliente. Por algum motivo você não quer usar JavaScript, e que antigamente o que se fazia para rodar Java em browser era rodar como applet...

alguem sabe me dizer se consigo fazer o processo de integração para pagamento via cartão utilizando apenas java ? sem o uso de javascript ?

Um problema de usar em competição de programação é que não tem como quitar cobrança em homologação. Isso faz com que mesma uma competição precise usar o ambiente de produção.