Boa tarde, @isecchin! Tudo bem e você?
Na prática não existe diferença, das duas formas você consegue reutilizar sua chave Pix em outra instituição. A portabilidade serve neste cenário por exemplo: você tem uma chave Pix cadastrada em um banco X, mas encerrou posteriormente esta conta e não tem acesso a exclusão da chave, então você pede ao seu banco Gerencianet a portabilidade e consegue assim o acesso a chave.
O processo pode demorar até 7 dias úteis, mas geralmente ocorre bem antes do prazo.