Certificado não pode ficar em /public_html de jeito nenhum, precisa ficar fora. Se o seu WHMCS tiver uma pasta que não fique na área publicada pelo HTTP pode ser nele, senão, no / mesmo.
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Certificado para acesso à Pix. Faça login em app.gerencianet.com.br, e em API tem o certificado para baixar. Além das credenciais clientid/clientsecret. A API Pix precisa dos 3 fatores de autenticação.
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Crie uma pasta na raiz do seu servidor e insira seu certificado na pasta. Vale lembrar que seu certificado deve estar no formato .pem. Você encontra o passo a passo de conversão na sessão: Converter certificado .p12 para .pem
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