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obrigado @klawdyo.com e @rubenskuhl pela ajuda. caso não seja possível a Gerencianet corrigir isso que ao meu ver é uma falha no projeto, eu com certeza irei implementar uma solução.

Minha sugestão: marque o boleto como não pago e aguarde um tempo. Após um determinado prazo, tipo 3 dias, você cancela a reserva.

Geralmente os sistemas enviam a notificação dizendo que não identificaram o pagamento e pedem para você desconsiderar a notificação caso já tenha pago. Essa é a minha experiência como usuário. Creio que seu sistema deve ter um prazo de 3 dias pra cancelar a reserva definitivamente

E se ele envia algum e-mail quando cancela, talvez deva atrasar esse email para ser enviado a partir das 8h, por exemplo. Pq aí só enviaria já sabendo do resultado final. Outra questão que foi falada acima é que boleto pode perfeitamente demorar até 3 dias para ser confirmado. A essa confirmação acontecendo no mesmo dia já é um cenário bem bom, mesmo que com atraso de 2 horas.

Para contornar isso, creio que seu sistema pode se preparar para desfazer o cancelamento quando receber o status de pago

Software usados há muito tempo tem essa questão: É preciso dar suporte para todo mundo que já usa

Outra: considerando que todo mundo que usa boletos no gerencianet já detectou esse problema e já criou suas próprias soluções para contornar, creio que eles não mudariam isso. É muita gente usando da forma que está. Impossível mudar.