Acho que você precisa usar o mesmo canal nas duas situações. Se gerou boleto via API, cancelar o boleto via API. Se gerou via site, marcar como pago via site.
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Eu gero boleto pro cliente e as vezes ele paga via pix na chave direto. Vou no gerencianet e marco o mesmo como pago, porem no DDA do cliente, o boleto continua la como aberto
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