Mesmo que você quisesse só cartão ou só boleto, poderia também ativar só um deles... é você que passa as requisições para a Gerencianet, então você que escolhe o que quer aceitar. Eu comentei isso acima pq você tem um meio de pagamento funcionando e outro não.
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Precisa ver como sua integração foi implementada... os endpoints de cartão são os mesmos de boleto, então pelo menos boleto deveria funcionar. Pix já são endpoints diferentes, com id/secret diferente, certificado etc.
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